Erstmals wurde 1258 ein Ortsadel erwähnt. Ende des 14. Jahrhunderts gehörte Wellendingen zur Herrschaft Hohenberg. Ab 1608 hatten die Herren von Freiberg die Ortsherrschaft inne. 1803 kam der Ort
an Württemberg und wurde 1806 dem Oberamt Rottweil zugewiesen.