Erstmals urkundlich erwähnt wird Zepfenhan im Jahr 1275 als Epfenhan
Anfänglich war Zepfenhan hohenbergischer Besitz und gelangte im Jahr 1516
an das Kloster Rottenmünster
1806 gelangte Zepfenhan an das Haus Württemberg.
1974 wurde Zepfenhan nach Rottweil eingemeindet